Bien que ces deux systèmes soient au service de l’entreprise, néanmoins il faut noter qu’ils comportent des différences à trois niveaux :
1- Au niveau des destinataires :
La comptabilité financière, communément appelée comptabilité générale, est destinée principalement aux parties prenantes externes à l’entreprise, à savoir les propriétaires, l’État, les créanciers, l’autorité de réglementation, tandis que la comptabilité de gestion (ancienne comptabilité analytique ou managérial/management accounting dans l’univers Anglo-saxons) est tournée vers les parties prenantes internes à l’organisation à savoir : les salariés.
2- Au niveau légal et réglementaire
La comptabilité financière est obligatoire, car ses rapports, en plus d’être certifiés par un Expert-comptable agréé ou un commissaire aux comptes, doivent être conformes aux normes comptables en vigueur (IFRS, SYSCOHADA, US GAAP…) dans le pays où la communauté dans laquelle elle est pratiquée. Alors que la comptabilité de gestion n’est pas obligatoire, et aucune norme régie la présentation des différents rapports de gestion ou d’activité.
3- Au niveau du contenu de l’information
Pendant que la comptabilité financière présente les données synthétiques sur l’ensemble de l’organisation suivant un modèle prédéfini, la comptabilité de gestion quant à elle, beaucoup plus flexible, présente les informations détaillées par secteur d’activité, par produits, par services, pays, région, par salarié, par clients, et par fournisseurs.
Il faut ajouter la comptabilité financière s’appuie sur les données exactes, et historiques, et la comptabilité de gestion se fonde sur les données estimées, actuelles et futures.